ناحیه نوآوری پردیس با محوریت پارک فناوری پردیس با مسوولیت نهاد ریاست جمهوری و با رويكرد فرابخشي و با کارکردهای زیر در سال 1380 تشکیل شد:
1. ایجاد محیطی مناسب کسبوکار برای فعالیت و حضور حرفهای شرکتهای دانشبنیان و نوآور در جهت حفظ نخبگان و جذب متخصصین ایرانی غیرمقیم و فناوران خارجی؛
2. برآورده نمودن نیازهای پیچیده فناوری کشور و منشأ شکلگیری چشمههای فناوری و تسهیل فرآیند جذب، ارتقاء و انتشار آن؛
3. به حرکت درآوردن و مدیریت جریان دانش و فناوری در میان دانشگاهها، موسسههای تحقیق و توسعه، شرکتهای خصوصی و در نهایت «صنعت» و «بازار»؛
4. جریانساز و شکلدهنده زیستبوم فناوری، بهبود دهنده قوانین و مقررات کسبوکار در این حوزه؛
5. شکلگیری فعالیتهای حرفهای در زمینه بازار سنجی، ایدهپردازی، پژوهش علمی، طراحی مهندسی، نمونهسازی، طراحی صنعتی، استاندارد سازی، تدوین دانش فنی، ثبت مالکیت فکری، فروش و عملیات مستشاری برای تحقق محصولات فناورانه در عرصه تولید صنعتی، سرمایهگذاری ریسکپذیر (جسورانه) و سایر خدمات تخصصی.
مطالعات مکانیابی برای احداث پارک فناوری بر روی سه منطقه پیشنهادی انجام شد. با توجه به ویژگیهای اقلیمی و جغرافیایی نهایتا فاز 6 شهر جدید پردیس در 20 کیلومتری شرق تهران انتخاب شد. در سال 1380 تملک اراضی پردیس نوآوری (فاز 1) انجام و کلنگ احداث پارك به زمین زده شد و پذیرش واحدهای فناور در پارک از همان سال آغاز شد. بر اساس طرح جامع شهر پردیس، حدود 800 هکتار از اراضی شهر کاربری تحقیقاتی و آموزشی داشته و این شهر بهعنوان اولین شهر تخصصی جمهوری اسلامی ایران با ماموریت علمی، فرهنگی و فناوری یک شهر علمی و آموزشی توسعه یافته است. از اهداف ماموریتگرا نمودن این شهر میتوان به ایجاد زیرساخت لازم برای رسیدن به اهداف و اسناد بالادستی همچون رتبه اول علمی در منطقه و تامین بسته کاملی برای جذب و اشتغال نخبگان و متخصصان کشور اشاره نمود.
موافقت اصولی تاسیس پارک فناوری پردیس در سال 1382 توسط شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری صادر و اساسنامه آن نیز در سال 1384، به تصویب این شورا رسید و ساختار پارک به صورت مستقل شکل گرفت.
طی سالهای 1384 و 1385 اولین شرکتها در مجموعه پارک مستقر شدند و پارک از ردیف بودجه عمومی اعتبارات تملک داراییهای سرمایهای و هزینهای برخوردار گردید.
با تصویب هیات وزیران در سال 1384 و در قالب سند ملی توسعه استانهای کشور، برنامه ایجاد و توسعه مراکز تحقیقات نظری و کاربردی با عملکرد ملی و فراملی و پارکهای فناوری در استان و تبدیل پارک فناوری پردیس به مرکز کارکردی پارکهای فناوری کشور، منطقه خاورمیانه و آسیای مرکزی ابلاغ شد.
اساسنامه مرکز رشد در سال 88 توسط وزارت علوم، تحقیقات و فناوری تصویب و ابلاغ شد. مرکز رشد فناوری نخبگان نیز فعالیت خود را از سال 1389 آغاز کرده است.
چشم انداز و اهداف بلند مدت پارک نیز در سال 1391 به تصویب رسید. در سال 1392 عملیات اجرایی آماده سازی پردیس دانش (فاز 2) به وسعت 18 هكتار آغاز شد. همچنین در این سال پارک اقدام به تاسیس شبكه تبادل فناوري كشورهاي عضو گروه D8 (D8 TTEN) و بنیانگذاری جایزه مصطفی (ص) نمود.
در سال 1392 موافقت اصولی تاسیس پارک فناوری سلامت به عنوان یکی از مراکز مستقر در پارک فناوری پردیس و اولین پارک فناوری سلامت کشور توسط وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی نیز صادر گردید و اساسنامه آن در سال 1393 به تصویب شورای گسترش دانشگاههای علوم پزشکی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی رسید. در سال 1393 تمليك و تثبيت اراضي پرديس كارآفريني (فاز 3) به وسعت 31 هکتار انجام شد. در سال 1392 نمايشگاه بينالمللي فناوري و نوآوريINOTEX نیز توسط پارک طراحی و راهاندازی و تاکنون به صورت سالانه برگزار میگردد. در سال 1393 مرکز شتابدهی نوآوری برای ساماندهی به امور شتابدهندههای فناوری و رویدادهای کارآفرینی در کشور توسط پارک تاسیس گردید. همچنین در سال 1397 کارخانه نوآوری آزادی و کارخانه نوآوری هایوی در تهران به عنوان شعب پارک و محلی برای استقرار و فعالیت تیمهای استارتاپی افتتاح شدند. در سال 1397 پارک افتخار میزبانی 2 شهید گمنام را کسب کرد. در سال 1399 نیز قرارداد الحاق 20 هکتار جدید (فاز 4) به پارک در مجاورت پردیس کارآفرینی منعقد گردید. در سال 1399 نیز تفاهمنامهی «تقویت زیستبوم فناوری و نوآوری استان تهران» با مرکزیت شرق استان و استفاده از حداکثر ظرفیتها و امکانات و تسهیلات طرفین برای گسترش سختافزاری و نرمافزاری ناحیه نوآوری پردیس مابین معاونت علمی و فناوری رییس جمهور و استانداری تهران منعقد گردید. همچنین در سال 1399پارک فناوری اقتصاد دیجیتال نیز در زمینی به مساحت 30 هکتار به مجموعه پارک فناوری پردیس ملحق گردید.
ناحیه نوآوری پرديس بهعنوان مهمترين و بزرگترين ناحیه نوآوری كشور، تجاريسازي دستاوردهاي فناوران و ايجاد بستر مناسب براي رشد فناوري و توسعه بازار شركتهاي دانشبنيان را هدف خود قرار داده است. ناحیه نوآوری پرديس توانسته است نقش موثری در پیشرفت علم و فناوری در شهر پردیس و استان تهران داشته باشد به طوری که این ناحیه شاخصترین مرکز توسعه استارتآپها و شرکتهای دانشبنیان و تجاریسازی فناوری و نوآوریها در کشور به حساب میآید. پارك فناوری پردیس بر پایه این چشمانداز راهبردی تأسیس شده است كه در آیندهای نزدیك بتواند به عنوان یك «کانون توسعه تكنولوژی پیشرفته» جلوههای درخشانی از مشاركت در فرایند خیزش و جهش صنعتی ایران اسلامی را به نمایش بگذارد.